筛选后的京营禁军被重新编为三队，每队五千人，职责明确：一队由林锐直接统领，负责皇宫、内阁、三省六部等中枢机构的守卫，将士们身着精良铠甲，配备最锋利的兵器，日夜巡逻；二队由京营副总兵统领，负责京城九门及街巷的治安，打击盗贼、维护秩序；三队作为机动力量，由蒙傲亲自管辖，随时准备支援边关或应对突发情况。每队都制定了严格的训练计划，蒙傲结合边军的训练经验，亲自制定了“每日两练、每月一考”的制度，考核不合格者将被调离京营，确保京营的战斗力。

萧燊对京营的整肃极为重视，每月都会亲自前往京营校场检阅将士。一次检阅中，他看到一名年仅二十的士兵箭术精湛，三箭都射中靶心，当即叫停演练，召那名士兵上前。“你叫什么名字？师从何人？”萧燊问道。士兵跪地回禀：“回陛下，臣叫陈武，父亲曾是大同卫校尉，战死在疆场，臣是继承父职入营的。”萧燊闻言动容，亲自将他扶起，当场下旨将其提拔为小旗，赐银五十两。他对着在场的全体将士高声道：“朕用人只看能力，不论出身、不问背景。只要你们苦练本领、为国效力，哪怕是普通士兵，也能封侯拜将；若敢尸位素餐，就算是勋贵子弟，朕也绝不留情！”将士们齐声高呼“陛下圣明”，训练的热情愈发高涨。

为提高京营的装备水平，萧燊令工部尚书冯衍加快军工制造，拨出专项银两用于改良兵器与铠甲。冯衍亲自带着工部工匠驻守军工坊，日夜钻研，终于造出了穿透力极强的“破甲箭”——箭头采用精铁打造，锋利无比，能穿透鞑靼骑兵的厚皮甲；新制的“鱼鳞甲”则采用轻便坚固的山铁，用银丝串联，重量比以往减轻三成，防护力却提升了一倍。这些新装备优先配备给京营禁军与北疆边军，当第一批“破甲箭”与“鱼鳞甲”送到京营时，林锐带着将士们试穿演练，箭头射中铠甲后纷纷弹开，将士们无不欢呼雀跃，对朝廷的信心愈发坚定。

京营的整肃成效显着，京城的治安状况在短短一个月内便大幅改善。以往夜间常有盗贼出没的街巷，如今即便到了深夜也灯火通明，百姓们放心地出门纳凉；市集上的商户再也不用担心被地痞骚扰，生意愈发红火。一名在京城开酒楼的老板笑着对客人说：“以前晚上关店门要插三道门闩，现在一道就够了。陛下不仅能安边，更能安内，真是我们大吴百姓的福气啊！”消息传到宫中，萧燊听后微微一笑，他知道，京营稳固，中枢才能安定，新政才能顺利推行。

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肃奸风暴过后，朝堂上出现了不少职位空缺，萧燊令吏部尚书沈敬之加快选贤令的推行，选拔实干人才填补空缺，明确要求“不问出身、只看能力，寒门士子与民间专才优先录用”。吏部右侍郎陆文渊素来擅长发掘人才，他亲自带队前往江南，深入田间地头、工坊市集，寻访到多名精通军事、财政、水利的贤才，其中最出众的是擅长军需管理的陈默。陈默曾在江南管理过大型粮仓，在魏党挪用粮饷时，他冒死将真实账目藏起，为后来的清查工作提供了重要依据。

陈默有着丰富的物资管理经验，沈敬之对他极为赏识，将其举荐给兵部右侍郎裴衍，协助改革军需采买制。陈默到任后，没有急于推行新政，而是先用半个月时间梳理了以往的军需账目，找出了“中间商加价、账目混乱、质量核验不严”三大症结。随后他建立起“物资台账制”，将每一批军需物资的采购价格、产地、质量标准、发放去向都详细记录在案，用不同颜色的标签区分“已验收”“待核验”“不合格”，并接入玄夜卫的信息系统，确保账目透明可查。这一制度推行后，军需采购与发放的效率提升了五成，贪腐现象彻底绝迹，裴衍对陈默赞不绝口，称其为“军需管理奇才”。

翰林院编修沈修是沈敬之的侄