都司管理和侦缉的对象主要是官军，所以其配置要根据官军的布防而进行配置，在沿边重镇，直接设立宪兵卫所，负责对当地的官军进行纠劾，而在腹里驻军较少的省直，则是配置一个千户所即可，和锦衣亲军基本不承担军事任务不同，宪兵都司仍旧要承担军事任务，所以员额更大，所装备的军器也更加接近官军，还拥有直属骑兵等。

朱载坖在隆庆二十七年以开年就大规模推动改革，这是很多官员没有想到的，因为之前朱载坖已经在西苑静摄许久了，一应政务都是太子在处理，这次朱载坖亲自出马，部署一系列的改革措施，使得朝廷都感觉到了一股不寻常的味道，尤其是内阁辅臣们，他们都是老狐狸了，对于眼下这种不寻常的局面自然是很清楚的。

之前太子所推动的改革遭遇阻力，辅臣们原本以为朱载坖会优先处理此事，但是朱载坖并没有处理此事，甚至提都没有提这事，这就让辅臣们有些奇怪了，不过辅臣们也很清楚，朱载坖一向是谋定后动的人，等到朱载坖要动手的时候，绝对是杀招了。

朱载坖在正月二十日突然通过军机处下达命令，任命曹国公李言恭为提督两广水陆军务事兼宪兵都指挥佥事，赶赴两广，清理两广卫所、镇协官军军籍、军屯。李言恭领命之后，即率领大批宪兵和锦衣校尉南下，这事当即在朝廷之上引起议论了。

朝廷历来清军，重点都是在两京和九边，因为这里是朝廷重兵部署的地方，这次朱载坖却突然命令曹国公李言恭出镇两广，而且明确授予清军大权，其实就是为了整顿两广军务，先保证两广官军的忠诚，这点是极为重要的。

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